Jesuskirken har en omfattende harmoniumsamling på i alt 48 instrumenter. Samlingens første instrument er et amerikansk, såkaldt Reed Organ, skænket til Jesuskirkens Sakristi af Brygger Carl Jacobsen i 1911. Indenfor de seneste årtier er der kommet mange harmonier til, både instrumenter fra Danmark og fra Belgien, Tyskland, Sverige og USA. Samlingens instrumenter er fordelt på kirkens pulpiturer og i kirkens kælder. Undtaget er det fine Hofberg-kunspilsharmonium fra o. 1920, som med sin placering på gulvet i kirkens kor benyttes ved morgengudstjenesterne om søndagen.