Musikken har altid haft høj prioritet i Jesuskirken.
Kirkerummet er meget velegnet til såvel orgel- som kormusik - og med kirkens unikke Cavaillé-Coll orgel har der fra begyndelsen været en usædvanlig fin basis for al musikudfoldelse i Jesuskirken.
Dette gælder bl.a. ved Jesuskirkens Sommerkoncerter i august og ved studiekoncerter med orgelstuderende fra DKDM forår og efterår.
Men først og fremmest er det musikken ved højmesserne, gudstjenesterne og de mange kirkelige handlinger, som Valby Sogns Menighedsråd har i fokus - bl.a. ved at have 9 dygtige sangere i Jesuskirkens Kor, som medvirker ved alle højmesser og desuden har en årlig Adventskoncert - og ved at lade musikudfoldelsen i Jesuskirken underordne sig kirkens budskab.