Musikken har altid haft høj prioritet i Jesuskirken. Kirkerummet er meget velegnet til såvel orgel- som kormusik, og med kirkens unikke Cavaillé-Coll orgel har der fra begyndelsen været en usædvanlig fin basis for al musikudfoldelse i Jesuskirken. Dette gælder bl.a. ved Jesuskirkens Sommerkoncerter i august og ved studiekoncerter med orgelstuderende fra DKDM.
Men først og fremmest er det musikken ved højmesserne, gudstjenesterne og de mange kirkelige handlinger, som Valby Sogns Menighedsråd har i fokus, blandt andet ved at have ni dygtige sangere i Jesuskirkens Kor, som medvirker ved alle højmesser samt De ni Læsninger og Adventskoncerten, og ved at lade musikudfoldelsen i Jesuskirken underordne sig kirkens budskab.