Jesuskirkens historie hænger uløseligt sammen med brygger Carl Jacobsen (1842-1914) og bryggeriet Carlsberg. Bryggeriet blev grundlagt i 1847 af Carls far J.C.Jacobsen på Valby Bakke, men på grund af det spændte forhold mellem far og søn besluttede faderen at overdrage bryggeriet til Carlsberg-fondet og udbetalte i stedet en arv til sønnen.
En del af denne arv gik til opførelsen af kirken. Indtil da havde der ikke været nogen kirke i den lille landsby Valby, og indbyggerne hørte til Hvidovre kirke. Men efterhånden som landsbyen voksede, blandt andet på grund af arbejdere og funktionærer ved bryggeriet, der slog sig ned i dets nærhed, voksede også behovet for en kirke.
Dels for at give Valby en monumental kirke, men også for at sætte et minde over sig selv og sin slægt byggede Carl Jacobsen Jesuskirken. Navnet bestemte han selv, og det praktiske arbejde med udformningen blev lagt i hænderne på arkitekt Vilhelm Dahlerup, der har tegnet adskillige af Københavns smukke bygninger, herunder Glyptoteket og Det Kgl. Teater. Men det var en bunden opgave! For det første skulle den nye kirke:
"overgå alle de andre kirker i København i skønhed"
… og for det andet skulle kirken hente sit formsprog fra de sydeuropæiske kirker.
Dahlerup løste opgaven ved at give kirken den klassiske basilika form med et langt skib med sideskibe og pulpiturer adskilt ved søjler, en stor korbue og et 18,5 m. højt kor, hvorunder brygger Carl Jacobsen, hans kone Ottilia, hans forældre J.C.Jacobsen og Laura, fire børn, der døde som små, og et barnebarn med frue nu hviler.
Man har lagt meget vægt på udsmykningen, og i tidens stil er der ikke to ornamenter, der er ens. Belysningen er dæmpet i skibet, da vinduerne nederst er relativt små, og de større på pulpiturerne er forsynet med glasmalerier, men derved forstærkes virkningen af det lys, der kommer ind af den store vinduesrose med ur i midten og de mange vinduer i koret, så opmærksomheden ledes op mod koret med altret.
Over dette er det oprindelige orgel, det berømte Cavaillé-Coll orgel, et fransk romantisk orgel, der i dag står lige så velholdt, som da det blev bygget. I den modsatte ende af kirken kom der i 1993 et nyt orgel til bygget af Jensen og Thomsen efter tegning af Rolf Graae, afstemt og intoneret som et sydtysk barokorgel.
Selve kirken stod færdig til indvielse 15. november 1891 og det fritstående tårn, campanilen, i 1895. Overalt både indvendigt og udvendigt vil man finde svastika eller hagekors. Det er et gammelt soltegn fra Indien, der også optræder i det antikke Grækenland og Rom. Her støder Carl Jacobsen på det og vælger det som bomærke for sit bryggeri Ny Carlsberg i 1880. Det vedbliver det med at være, indtil det i 30'erne bliver kendemærket for noget helt andet. Derefter fjernede man det som bomærke, men beholdt det på bygningerne. Det er derfor ikke og har aldrig været udtryk for nogen bestemt politisk holdning.